Proses lahirnya perguruan tinggi islam ini berawal dari peran para Ulama, peran para Kyai, peran para aktivis Islam, para tokoh yang menjadikan Masjid sebagai sebuah sentral (pusat) dalam berbagai aktifitasnya dan salah satu aktifitas adalah menjadikan Masjid sebagai pusat pembelajaran, oleh karena itu tatkala IAIN ini berdiri awal, pada masa dulu perguruan tinggi Islam yang ada di Cirebon tidak bisa melepaskan dari peran Masjid, kalau kita lihat di sini Masjid At Taqwa karena para Dosen, para Kyai, para Ulama memberikan “transfer of knowlege” (pengajaran agama) terhadap para mahasiswa pertama kali adalah di Masjid. Oleh karena itu Masjid adalah bagian yang tidak terpisahkan dari sejarah berdirinya Lembaga Pendidikan Islam.